Issuu o flash debajo de un menú javascript (o CSS)

Después de intentos fallidos con CSS z-index, Para que un flash no se posicione encima de menus javascript etc hay que introducir una linea dentro del generado por el flash.

el código es el siguiente:  wmode="transparent"

Por ejemplo:
[embed src="http://static.issuu.com/webembed/viewers/style1/v1/IssuuViewer.swf" type="application/x-shockwave-flash" allowfullscreen="true" menu="false" wmode="transparent" ...etc...>